Le origini degli Orti Botanici si confondono con le origini del giardino stesso: possiamo dire che si sperdono tra la storia e la leggenda, portati a diverse finalità, verso il carattere ornamentale, orticolo, agrario e medicinale.
In epoca barocca gli orti botanici divennero innanzi tutto istituzioni scientifiche e fondamento essenziale nella ricerca e nell'insegnamento botanico, un luogo di istruzione, di formazione, di ricreazione. Soprattutto un mezzo di educazione per risvegliare le menti da un'abituale indifferenza ed aprirle all'interesse e all'amore per la natura.
Una moda sempre più crescente, retaggio del Rinascimento, fu quella degli erbari ricchi di illustrazioni in cui lei piante venivano riprodotte con rigore ed esattezza e in cui molto spesso venivano conservati vegetali essiccati.
Tavola botanica di Basilius Besler raffigurante dei tulipani
I primi orti botanici, denominati anche orti dei semplici, poichè in essi erano coltivate soprattutto le piante medicinali, nacquero in Italia: il più antico orto botanico creato in un istituto universitario fu quello di Padova, fondato nel 1545; molti però attribuiscono questo primato a quello di Pisa, che sarebbe sorto due anni prima.
Orto botanico di Padova
In Francia, con il sostegno di Luigi XIII, del Cardinale Richelieu e del medico Jean Héroard, Guy de la Brosse creò a Parigi un orto botanico che fu inaugurato nel 1640: il Jardin royal des plantes médicinales dove venivano offerte delle lezioni di medicina.
Jardin royal des plantes médicinales
Con la scoperta di nuove specie vegetali provenienti dall'Africa e dal Nuovo Mondo l'interesse per gli studi naturalistici si sviluppò sempre più anche in virtù dell'introduzione in Europa di nuovi alimenti.
Sovrani e potenti gareggiavano tra loro per avere un "orto botanico" ricco di specie rare da collezionare; esattamente come per i serragli, le specie vegetali rare costituivano un motivo di orgoglio in più e uno status sociale. Ma non solo: per nobili e sovrani avere un orto botanico ricco e vario significava anche avere sulla tavola alimenti all'epoca sconosciuti e costosissimi.
A Versailles, per esempio, fu creato nel 1680 un orto destinato a fornire frutta e verdura alla corte. L'ideatore di questo orto fu Jean-Baptiste de la Quintinie, genio dell'orticoltura, che ricavò da una zona paludosa 9 ettari di terreno molto fertile. Ancora oggi l'orto di Versailles ha mantenuto il suo aspetto originario ed è visitabile: si compone di una successione di piccoli giardini circondati da mura e dominato da terrazze ed è ricco di ortaggi e diversi alberi da frutto tradizionali.
L'orto di Luigi XIV ideato da Jean-Baptiste de la Quintinie, genio dell'orticoltura
Famoso il giardino botanico di Schönbrunn, voluto dall'imperatore Francesco Stefano nel 1753. Il giardino si trovava al posto che oggi è occupato dalla grande serra delle palme ed era diviso in tre parti, ognuna a sua volta suddivisa in quatto parti con una fontana al centro. La parte nord era quella dedicata alla floricoltura, quella centrale era dedicata all'orticoltura, quella sud era adibita a frutteto. Il tutto aveva anche una funziona di studio oltre che di piacere e di utilità, dal momento che l'orto botanico ospitava specie rarissime.