Nel 1564, in Pavia, il Pellegrino ha dato principio per il Cardinal Borromeo a un palazzo per la Sapienza. Così Giorgio Vasari nelle Vite de’ più eccellenti Architetti, Pittori et Scultori prendeva nota della nascita del collegio: la posa della prima pietra avvenne il 19 giugno 1564. Qualche anno dopo, nel 1568, ne parlò, da attento viaggiatore qual' era anche Montaigne nel suo Journal de voyage en Italie: Viddi oltra, quel principio d’edificio del Cardinal Borromeo per il servizio delli Scolari.
Ma che cos'è questo "palazzo della Sapienza" commissionato dal cardinale Carlo Borromeo all'architetto Pellegrino Pellegrini detto il Tibaldi (1526-1596)?
Il Concilio di Trento si è chiuso appena un anno prima della posa della prima pietra e il Cardinal Borromeo si è distinto per la novità delle sue idee, che mettono al centro l'istruzione e l'educazione dei giovani, di ogni estrazione sociale. In un clima di dura repressione e oscurantismo religioso in cui dominano le violenze e gli abusi dell'Inquisizione, la lungimiranza e la modernità di Carlo gli fanno ritenere che l'unico modo di avere fedeli convinti e ferventi è quello di istruirli sin dalla più tenera età, con metodi consoni e in strutture idonee che possano dare a tutti, più o meno abbienti, l'opportunità di ricevere una formazione cattolica. A tale scopo è il principale compilatore del primo progetto organico di catechesi ed educazione religiosa mai redatto, il Catechismus Romanus. Per sperimentare questa nuova idea di diffusione della dottrina e della cultura, il cardinale sceglie Pavia, la prestigiosa città universitaria in cui lui stesso si era laureato in diritto canonico, e fonda un collegio dove viene impartita una formazione morale e culturale così rigida da far dire all'ambasciatore di Venezia che l’esempio del Borromeo ha più valore di tutti i decreti del Concilio di Trento. L'istituto è aperto anche a ragazzi poveri che però dimostrino una spiccata propensione allo studio e diventa subito un'eccellenza nella formazione dei giuristi e del quadro dirigente dello Stato di Milano e della Chiesa di Roma.
Il collegio venne edificato secondo i dettami architettonici controriformisti fissati dallo stesso Carlo Borromeo nell'opera Instructiones fabricae et supellectilis ecclesiastica e gli interni furono riccamente affrescati con scene della vita della vita del santo intorno al 1602-03 secondo l'intento della pittura didascalica.
L'istituto è ancora oggi attivo e dal 2010 è aperto anche alle donne, ospitandone però solo 50 l'anno.
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