Primo organista in San Marco, affiancato da Giovanni Gabrieli al secondo, Merulo sarà uno degli organisti più apprezzati del suo tempo, nonché compositore di muisca profana, tra cui madrigali, canzone e musiche di scena.
Nel 1656 fonda insieme ad alcuni soci una stamperia e sarà uno dei primi musicisti in assoluto a stampare in proprio le sue opere.
Dal Libro Secondo di Canzoni d'intavolatura d'organo (1606), La Pazza