Situata in Via Vittorio Veneto e conosciuta come chiesa dei Cappuccini, questo edificio barocco deve la sua fama alla presenza del macabro ossario composto con i resti di alcuni frati dell'Ordine.
Nel 1626 Urbano VIII Barberini concesse ai Cappuccini di entrare in possesso del terreno su cui sorgeva la chiesa e l'annesso convento, a poca distanza dal palazzo di famiglia; la chiesa divenne rapidamente costruita su progetto di Antonio Casoni tra il 1626 e il 1630; nel 1631 venne costruito il cimitero dell'Ordine.
L'interno è ad una navata, con cinque cappelle per parte; nella volta c'è un bell'affresco neoclassico, l' Assunta, opera di Liborio Coccetti (1796); davanti all'altare maggiore, si trova la tomba del cardinale Barberini, cappuccino, fratello di papa Urbano VIII e benefattore della chiesa, sulla quale c'è l'iscrizione hic jacet pulvis, cinis et nihil (qui ciace polvere, cenere e nient'altro).
Molte opere d'arte importanti si trovano nelle cappelle laterali; nella prima a destra, dedicata a S. Michele Arcangelo, vi è una tela di Guido Reni raffigurante S. Michele Arcangelo che schiaccia Lucifero (1635), opera considerata un capolavoro.
Nella seconda cappella sinistra, Natività di Giovanni Lanfranco (1632); nella terza, S. Francesco riceve le stimmate, del Domenichino, e, sulla parete sinistra, Morte di S. Francesco , dello stesso autore; nella quinta cappella, S. Antonio, di Andrea Sacchi (1653). Tornando indietro, sulla sinistra, nella quinta cappella, la Vergine appare a S. Bonaventura, di Andrea Sacchi (1645); nella prima, Anania ridona la vista a S. Paolo , di Piero da Cortona (1631).
Entrando nella sagrestia c'è un importante quadro raffigurante S. Francesco in preghiera del Caravaggio, opera del 1603 circa.
Uscendo dalla chiesa, passando da una porta a destra della facciata, si accede al cimitero dei cappuccini, macabra creazione barocca, costituito da cinque ambienti in cui sono conservati, parte come decorazione degli ambienti stessi, gli scheletri di circa quattromila frati morti tra il 1528 e il 1870; si vuole che la terra che ricopre il pavimento degli ambienti sia stata qui trasportata dalla Terra Santa.